Цьому храму вже більше 200 років. Він був заснований ще у XVIII столітті, майже одночасно з заснуванням тодішнього міста. Тож храм став свідком всіх непростих моментів в історії Дніпра. Втім, про все по порядку.
За всіх часів серцем поселення Новий Кодак був соборний храм на честь святителя Миколая. Серед багатьох храмів, присвячених цьому великому угоднику, цей храм дуже примітний. Відомості про його існування зустрічаються вже у 1650 році, коли Новий Кодак іменувався ще містечком у Запорізьких Землях, з 1750 року – містом. Дерев’яна церква, про яку ведеться мова, називається соборною, з причтом у двох священиків.
З початком будівництва Першого Катеринослава на р. Кільчень у січні 1777 року у Новий Кодак переводиться Слов’янське Духовне правління під назвою «Правління Слов’янського у Слов’янській та Херсонській провінції».
15 вересня 1784 року, за клопотанням кліру та парафіян, архієпископ Слов’янський та Херсонський Никифор (Феотоки) благословив «при церкві Соборній Свято-Миколаївській Новокайдацькій, з лівого боку, прибудувати в боковий вівтар, за пристойністю церкви, храм Богоявлення Господнього».
27 квітня 1785 року протопоп Феодор Фоміч здійснив закладку першого каменю під межу. Але за ветхістю першого храму святитель Амвросій (Серебрянніков), єпископ Катеринославський і Херсонес-Таврійський наклав резолюцію, що дозволяє продати прибудований, але незакінчений храм.
2 червня 1792 року правлячому архієрею єпископу Амвросію від кліру і причту Микільського храму було подано прохання з проханням перебудувати вже старий храм на новий, кам’яний, з додаванням другого — приділу на честь Різдва Хрестителя Господнього Іоанна. 23 липня Владика наклав позитивну резолюцію, але роботи були відкладені до більш сприятливого часу.
В очікуванні побудови нового міста (нинішнього Дніпропетровська) Новий Кайдак надзвичайно збільшився по населенню, пожвавилася торгівля і промисловість і, за деякими паперами 1787-1791 року, тоді іменувався Катеринославом. То справді був найкращий період його достославного існування.
До 1800 року дерев’яний Свято-Миколаївський храм занепав і потребував ремонту. У цей період, за розпорядженням уряду, вже суворо заборонялося будувати нові церкви з дерева. У 1801 році з дозволу і благословення архієпископа Новоросійського і Дніпровського Афанасія (Іванова) було ухвалено рішення збудувати кам’яну церкву замість дерев’яної. 25 серпня 1804 року було видано благословенну храмоздану грамоту.
23 червня 1807 року благочинний Катеринославського повіту протоієрей Іоанн Станіславський освятив місце під церкву, поклав закладку на її спорудження та на місці робіт поставив хрест. Будівництво цієї церкви було закінчено у 1810 році.
Протягом наступних 100 років жодних відомостей про храм і церковне життя приходу немає. Проте, під час ремонту, 2003 року паламарями було виявлено Акт, написаний 1910 року, який лежав під гірським місцем, у запечатаній посудині.
Подальші архівні відомості стосуються лише 1933 року, коли храм було закрито та у приміщенні розмістили склад боєприпасів. До закриття храму в ньому була старовинна чудотворна ікона Божої Матері «Самарська», яка нині знаходиться у Свято-Троїцькому Кафедральному соборі.
Під час німецької окупації у 1943 році храм було відкрито. Припускають, що вже в післявоєнний час було освячено боковий вівтар на честь преподобного Серафима Саровського. Статус храму відновлено у 60-х роках XX століття.
Свято-Миколаївський храм має значення пам’ятника архітектури, про що свідчить охоронний номер №1078. Відомі імена священнослужителів, які служили на приході за радянських часів — протоієрей Ананій Корнійчук, протоієрей Сергій Єгоров, протоієрей Володимир Медведь, протоієрей Андрій Панський, протоієрей Павло Крамаренко та протоієрей Володимир Заєць.
8 жовтня 1993 року указом тимчасово керуючого Дніпропетровською єпархією митрополитом Одеським та Ізмаїльським Агафангелом (Саввиним) настоятелем був призначений протоієрей Сергій Капов, завдяки якому в храмі значно пожвавилося парафіяльне життя.
Серед стародавніх святинь храму знаходяться частки мощів Феодосія архієпископа та преподобного Лаврентія Чернігівських, а також святих Оптинських старців.
За останні десятиліття проведено роботи з подальшого благоустрою храму: збудовано 2-поверхову будівлю з приміщенням для хрещення. У січні 2004 року при храмі організовано недільно-парафіяльну школу в ім’я преподобного Серафима Саровського з трирічним курсом навчання.
